Te sugeriría completar el tratamiento para erradicar el parásito que dio positivo en tu prueba antes de someterte a cirugía.

Idealmente, deberias llevar tratamiento de erradicación de H. pylori y ya una vez que estes libre, realizarte la cirugía ya que se asocia a ulceras esa bacteria en pacientes bariátricos.

No veo ningún problema, claro sería mejor erradicarlo antes pero sugiero preguntar a su cirujano. Saludos.